A Guerra Secreta de Achtung! Cthulhu é uma batalha travada entre seis grandes facções, advindas dos Aliados, do Eixo e do Mythós, embora muitas outras forças convencionais e sobrenaturais acabem se envolvendo no conflito oculto, intencionalmente ou por acidente. Fundado pelo Exarca Reinhardt Weissler, a Ordem do Sol Negro são os feiticeiros supremos do Reich nazista, cujo principal objetivo é banhar a Terra com os raios perniciosos do sol negro, que contém o deus aprisionado Yog-Sothoth. Os arquirrivais deles são a Nachtwölfe, os Lobos da Noite, um grupo divergente liderado por Mina Wolff. Ela acredita na primazia da ciência e da tecnologia, valendo-se do distinto Blauer Kristall atlante para aprimorar suas tropas e construir Wunderwaffen - armas assombrosas - para vencer a guerra. Em oposição a eles estão os indômitos heróis da Seção M, a força ocultista da Inglaterra. Liderada por Sir Alec Towton, a Seção M é composta por uma mistura de corajosos agentes de campo, gênios excêntricos e místicos poderosos, que combinam a típica engenhosidade britânica, improvisação e invenção para resistir ao pior que os nazistas conseguem lançar sobre eles - desde que sempre tenham uma xícara de chá decente à mão. Mesmo antes dos Estados Unidos se juntarem formalmente à guerra, a Majestic, o "escritório do abracadabra", estava lá para dar uma ajudinha aos seus aliados britânicos. Liderada pela formidável Sally Armitage, a Majestic combina coragem nativa, a força crua dos americanos e operativos com poderes psíquicos para levar a luta até a ameaça nazista. Em outros lugares, poderes arcanos além da humanidade se agitam. Os Abissais são uma raça anfíbIia nativa da Terra, que habita cidades submarinas nas profundezas do oceano e vem à superfície para se reproduzir com humanos, defender seu ambiente subaquático e se preparar para o dia em que seu deus sonhador, o pavoroso Cthulhu, despertará. Os inimigos deles, os Mi-Go, são uma espécie alienígena, uma estranha mistura de fungo senciente e inseto, vinda dos rincões do sistema solar, composta por exploradores interestelares, cientistas e conquistadores, que vieram a este planeta em busca de cumprir seus próprios objetivos sombrios.